Tím špeciálnych agentov, vedený skúseným, tvrdým vyšetrovateľom a vyjednávačom Leroy Jethro Gibbsom, je schopný riešiť zločiny, ktoré sú spáchané vo vojenskom námorníctve a námornej pechote, bez ohľadu na postavenie, či hodnosť.

Po objave Daniela Jacksona, že sa pomocou hviezdnej brány dá cestovať aj na iné planéty, americká armáda zriadi niekoľko tímov pomenovaných SG, ktoré majú za úlohu planéty preskúmať a pokiaľ možno s jej obyvateľmi nadviazať priateľské vzťahy. Bojujú tiež proti mimozemskej civilizácii, ktorá zotročuje planéty, pátrajú po pôvode hviezdnych brán a snažia sa vymaniť z vplyvu skorumpovaných politikov, ktorí chcú bránu využívať kvôli vlastnému prospechu.

Mysteriózny sci-fi seriál je antológiou uzatvorených príbehov, ktoré na seba nenadväzujú, majú ale spoločný námet - rozprávajú o záhadných udalostiach a javoch, ktoré sa vymykajú bežnému chápaniu. Každý diel je oslavou ľudskej predstavivosti, ktorá s pomocou nových technológií presahuje úroveň súčasného poznania. Skeptický vedecko-technický pohľad na vec či človeka sa prejavuje zásadne v posledných sekundách konca epizódy, ktorý väčšinou postaví na hlavu celý predchádzajúci dej. ...Porucha nie je vo vašom prijímači... Neusilujte sa vyrovnať obraz... Vysielanie teraz riadime my... Nastavujeme obraz horizontálne i vertikálne... Môžeme vás zaplaviť tisíckou rôznych vysielacích kanálov.... Alebo rozvinúť len jeden obraz do krištáľového jasu.... A čo viac, môžeme vám vytvoriť víziu čohokoľvek, čo je schopná prijať vaša predstavivosť... Najbližšiu hodinu budeme riadiť všetko, čo uvidíte a vypočujete si.

Prebudili sa na vesmírnej lodi plaviacej kto vie kam, ale nepamätajú si, ako sa tam dostali a čo sú zač. Počas nebezpečné plavby, ktorá ich môže stáť život, odhaľujú pravdu o svojom pôvode a blížia sa v ústrety nepríjemnej budúcnosti a precitnutiu.

Zem vysiela prvú expedíciu mimo našej galaxie do potopeného mesta Atlantídy pod vedením doktorky Elizabeth Weirovej. Expedícia nadväzuje vzťahy s obyvateľmi okolitých planét, ktoré sužuje hrozba v podobe krvilačnej rasy Wraithov vysávajúcich ľudskú životnú energiu. Snažia sa pomáhať ostatným a brániť Atlantídu. Wraithovia sa za každú cenu nesmú dostať na Zem, ktorá je pre nich prísľubom prakticky neobmedzeného zdroja ľudí.