Zem vysiela prvú expedíciu mimo našej galaxie do potopeného mesta Atlantídy pod vedením doktorky Elizabeth Weirovej. Expedícia nadväzuje vzťahy s obyvateľmi okolitých planét, ktoré sužuje hrozba v podobe krvilačnej rasy Wraithov vysávajúcich ľudskú životnú energiu. Snažia sa pomáhať ostatným a brániť Atlantídu. Wraithovia sa za každú cenu nesmú dostať na Zem, ktorá je pre nich prísľubom prakticky neobmedzeného zdroja ľudí.