Dej sa odohráva v roku 1686 v holandskom Amsterdame. Matka prinúti Petronellu (Anya Taylor-Joy), aby si vzala za muža bohatého priekupníka Johannesa Brandta (Alex Hassell) a pomohla tak rodine zbaviť sa dlhov. Pre Nelly, ako ju všetci prezývajú, to ale nie je výrazný problém, pretože Johannes je šarmantný a krásny muž. Keď sa nasťahuje k Brandtovcom, dostane pozoruhodný dar. Tým je miniatúrna kópia domu. S pomocou jeho tvorcu, ktorý jej neustále posiela ďalšie doplnky pre domček, začína odkrývať záhadné tajomstvá jej novej rodiny. Tajomstvom zostáva aj to, kto je neznámym miniaturistom, ktorý dom vyrobil a o rodine toho vie viac, než je normálne.