Sheppardov tím sa nachádza v jumperi, keď zrazu prestanú fungovať všetky systémy. Po prílete na Atlantídu sa rovnaké veci začínajú diať aj tam, a tak sa McKay snaží obnoviť späť energiu. Potom zistí, že Koracen, replikátorský vedec v tíme dr. Weirovej, prišiel na spôsob, ako dosiahnuť digitálneho ekvivalentu povznesenia. Replikátori by tak mohli existovať ako čistá energia v subpriestore, čo im dovolí voľný pohyb po galaxii. Keď sa John snaží dostať do uzamknutej časti mesta, objaví sa vo dverách F.R.A.N. - replikátorská žena vytvorená dr. McKayom v minulom roku. Tá tvrdí, že je Elizabeth Weirová...