Boruto je situovaný do povojnovej doby. Hrdinovia z Naruto založili rodiny a v Borutovi sa dozvieme o príbehoch tejto novej generácie. Dej začína, keď sú vo veku pre vstup do Akadémie. Hlavným hrdinom je Boruto, ktorý sa chce stať silným ninjom a presadiť si svoju cestu, nerád by išiel v šľapajach svojho otca.

Dievča, ktoré tajne vychovali roboti, odhaľuje temné tajomstvá nádherného utopického sveta, v ktorom po ľudstvu nezostali skoro žiadne stopy.