Snom mladého Gona Freaksa, vychovávaného doteraz tetou Mito, je stať sa po vzore svojho otca Ginga tzv. Hunterom, čo je v tamojšom svete niekto, komu nie je dobrodružstvo a odvaha cudzie. Hľadá napríklad vzácne tvory a poklady alebo chytá nebezpečných zločincov. Hoci Gon svojho otca nikdy predtým nevidel a pozná ho len z rozprávania svojej tety, je plne odhodlaný stať sa Hunterom, aby sa mohol s otcom stretnúť a pokračovať v jeho stopách. Musí však podstúpiť náročnú hunterskú skúšku, ktorá vyskúša nielen jeho fyzické schopnosti, ale aj psychické. Stretáva pri nej nových priateľov, akými sú napríklad chamtivý a prchký, avšak lojálny a vtipný Leorio, tichý a premýšľavý pomstiteľ Kurapika alebo tajomný zabijak Killua so svojím skateboardom, ale aj nepriateľov, ako napríklad zvráteného kúzelníka Hisoku alebo gang s názvom Spiders, ktorý vyvraždil Kurapikov klan Kurta.

Bývalý člen klanu nindžov odišiel a teraz žije pokojný život so svojou ženou a synom.