Chladnej, samotárskej a umelecky založenej 14-ročnej Kelly Collinsovej sa život obráti doslova hore nohami, keď sa z New Yorku dostane do internátnej Vojenskej akadémie Georgea Washingtona. Rozhodla sa túto novú životnú skúsenosť podniknúť, aby si ju obľúbil nový nevlastný otec, generál "Sir" Joe Maxwell, za ktorého sa jej matka Samantha len nedávno vydala. Pre utiahnutú Kelly však radikálna zmena nie je vonkoncom ľahká, pretože hneď od začiatku si na ňu "zasadne" bezcitná 17-ročná veliteľka jej oddielu, Jennifer Stoneová. Kelly sa cíti nešťastná, nezvláda tvrdý výcvik a dokonca uvažuje o opustení školy. Je tu však niekto, kto ju podporuje - triedny učiteľ major Brad Rigby, do ktorého sa Kelly zaľúbila.

X-Meni. Narodili sa s jedinečnou genetickou mutáciou, ktorá im umožňuje ovládnuť nadprirodzené schopnosti. Pod vedením profesora Charlesa Xaviera slúžia ľudstvu a chránia svet. Ten im však nedôveruje a bojí sa ich. Po nezmyselnom pokuse o atentát na prezidenta Spojených štátov, ktorý údajne spáchal neznámy mutant, sa verejnosť dovoláva zákona, ktorý má mutantov dostať pod kontrolu. Na čele antimutantského hnutia stojí armádny veliteľ a vedec William Stryker, o ktorom sa tvrdí, že na mutantoch robil pokusy. Mutantov nenávidí a chce ich totálne zlikvidovať. Keď zistí, že jeho vlastný syn je mutant, bez milosti ho zabije. Stryker mal už predtým do činenia s Wolverinom a pozná tajomstvá jeho minulosti. Keď Wolverine pátra po svojom pôvode, uvedie Stryker do pohybu svoj antimutantský program. Sú však aj mutanti, ktorí sa postavili proti ľudskej civilizácii. Jeden z nich, Magneto, práve ušiel z väzenia.

Vývoj svetových dejín môže ovplyvniť „liek“, ktorý dokáže premeniť mutantov na obyčajných ľudí. Mutanti majú po prvý raz možnosť zvoliť si svoju budúcnosť – buď si zachovajú svoju výnimočnosť, ktorá je však príčinou ich izolácie a odcudzenia od ostatných, alebo sa svojich schopností vzdajú a stanú sa normálnymi ľuďmi. Protichodné názory vodcov mutantov, Charlesa Xaviera, hlásajúceho toleranciu, a Magneta, podľa ktorého prežijú len tí najsilnejší – sú podrobené poslednej skúške a rozpútajú vojnu, ktorá má všetky boje definitívne ukončiť.

Po niekoľkých málo mesiacoch od samovraždy svojej sestry Sofie, odchádza tínedžerka Megan na letné prázdniny so svojimi najlepšími priateľmi. Na mieste sa čoskoro začínajú diať zvláštne veci, ktoré, ako Megan verí, pripomínajú prítomnosť jej sestry. Pokúsi sa s jej duchom nadviazať kontakt.

Mutanti sú ľudia s nadprirodzenými schopnosťami, ktorých odlišnosť sa prejaví až v puberte a spôsobuje ju evolučný skok ľudského druhu. Cynický dospelý Magneto, ktorý ovláda kovové veci pomocou magnetického poľa, očakáva vojnu medzi príslušníkmi svojho druhu a obyčajnými ľuďmi. Jeho bývalý priateľ Charles Xavier presadzuje zase mierové spolužitie. Magneto chce pomocou špeciálneho žiarenia zmeniť na mutantov mocných tohto sveta, ktorí sa zídu na zasadnutí OSN. On i Xavier majú suitu mutantov, ktorí medzi sebou bojujú. Cieľom Xaviera a jeho pomocníkov (X-Men) je zabrániť katastrofe a zachrániť mladú mutantku Rouge (Anna Paquinová), ktorá má proti svojej vôli poslúžiť Magnetovým cieľom.

V mestečku Devil's Gate v severnej Dakote, film skúma zmiznutie miestnej ženy a jej mladého syna. Agent FBI Schull, pomáha miestnemu šerifovi hľadať odpovede. V spolupráci so zástupcom, pátrajú po nezvestnej žene a zistia, že nič nie je, ako sa zdá.

Mutantským hrdinom, X-Menom, hrozí definitívny zánik. Ich rasa bola vždy na pokraji vyhynutia, ale teraz je táto hrozba reálnejšia ako kedykoľvek predtým. Jediná cesta k spaseniu vedie cez minulosť na úplný začiatok reťazca udalostí, ktoré nastávajúce nebezpečenstvo vyvolali.

Traja bratia v zbrani, boss podsvetia a nepodplatiteľný policajt sa ocitnú v smrteľnej kolízii po tom, ako najmladšiemu bratovi unesú obchodníci s bielym mäsom jeho snúbenicu. Bratia sa spolu s policajtom vydajú na nebezpečnú záchrannú misiu, ktorá je možno ich najdôležitejšou bitkou v živote...