Bourne a Mária naďalej žijú v anonymite. Bournea naháňajú nočné mory a spomienky. Vláči Máriu z mesta do mesta. Snaží sa byť vždy aspoň krok pred hrozbou, ktorú tuší v každom pohľade aj v každom telefónnom "omyle", pred nebezpečenstvom, ktoré očakáva v každej sekunde. Ale ohrozenie ho do sveta, z ktorého chcel uniknúť, neustále vracia. Keď sa v pokojnej dedine, ktorá je ich dočasným domovom, objaví tajný agent, Bourne s Máriou miesto narýchlo opúšťajú. Začne nová globálna hra na mačku a myš a Jason Bourne sa musí vrátiť k svojej minulosti, aj keď tajná operácia Treadstone, ktorá vytvárala profesionálnych zabijakov, už skončila. Pred rokmi Bourneovi povedali, že nesmie s nikým nadviazať kontakt. Minulosť sa prihlásila sama. Mali ho nechať na pokoji.

Vedecká expedícia objavila neďaleko pyramíd zvláštny objekt pokrytý neznámymi symbolmi. V prísnom utajení ho začala skúmať armáda. Ubehlo však niekoľko desaťročí, než sa našiel človek, ktorý by nápis rozlúštil. Egyptológ Daniel Jackson zistil, že znaky predstavujú súradnice pre cestu vesmírom na vzdialenú planétu. Rozhodnú sa vyslať prieskumnú jednotku pod vedením plukovníka O'Neilla. Expedícia však potrebuje Danielove znalosti a tak sa nepraktický intelektuál ocitá v prapodivnom svete starej civilizácie.