Florence je vzdelaná mladá žena, ktorej rodičia zomreli po útoku levov v Afrike, keď bola ešte dieťa. Sama bola zachránená jedným dedinčania. Po štúdiách sa zaoberá odhaľovaním šarlatánstvo a "lovením duchov", na ktoré neverí. Roku 1921 prichádza do chlapčenskej internátnej školy, kde panuje strach kvôli duchovi, ktorý zabil jedného zo žiakov. Najprv všetko racionálne vysvetľuje, avšak postupne zisťuje, že nie všetko je tak, ako sa zdá, a že v školskej budove už kedysi dávno bola.

Dedkova záhadná smrť prinúti Jakea vyraziť na veľmi neobvyklú a dobrodružnú výpravu. Pomocou stôp, ktoré našiel v jeho pozostalosti, objaví na odľahlom kúte jedného takmer opusteného ostrova veľmi zvláštnu budovu - Domov pre neobyčajné deti slečny Peregrinovej. A hoci sa Jakeovi na prvý pohľad zdá opustený, nie je to tak. Za krátko sa stretáva nielen so slečnou Peregrinovou, ale i s jej mladými chránencami. Ich izolácia nie je len v mieste, ale i v zacyklenom čase. Skrývajú sa pred ostatným svetom kvôli svojim zvláštnym a neuveriteľným schopnostiam, pretože by boli ostatnými považovaní za monštrá. Skrývajú sa ale tiež pred hrôzostrašnými netvormi, ktorí sa chcú zmocniť práve ich zvláštností. Noví Jakeovi priatelia mu pomôžu nájsť jeho vlastnú výnimočnosť. A práve tá môže všetkých obyvateľov domova zachrániť.