Posádka tentoraz smeruje na mierovú misiu na Romulus, pretože sa tamojší obyvatelia rozhodli uzavrieť s Federáciou mier. Po prílete na planétu ale vyjde najavo, že ich skutočným úmyslom je zničenie Zeme. A tak sa kapitán Picard stretne s doteraz najnebezpečnejším protivníkom – Nemesis. Vedľa siedmich hlavných hrdinov sa objaví aj nová nebezpečná rasa Reman, medzi ktorými je aj klon kapitána Pickarda – Shinzon, ktorý je novým vodcom Romulu.

X-Meni. Narodili sa s jedinečnou genetickou mutáciou, ktorá im umožňuje ovládnuť nadprirodzené schopnosti. Pod vedením profesora Charlesa Xaviera slúžia ľudstvu a chránia svet. Ten im však nedôveruje a bojí sa ich. Po nezmyselnom pokuse o atentát na prezidenta Spojených štátov, ktorý údajne spáchal neznámy mutant, sa verejnosť dovoláva zákona, ktorý má mutantov dostať pod kontrolu. Na čele antimutantského hnutia stojí armádny veliteľ a vedec William Stryker, o ktorom sa tvrdí, že na mutantoch robil pokusy. Mutantov nenávidí a chce ich totálne zlikvidovať. Keď zistí, že jeho vlastný syn je mutant, bez milosti ho zabije. Stryker mal už predtým do činenia s Wolverinom a pozná tajomstvá jeho minulosti. Keď Wolverine pátra po svojom pôvode, uvedie Stryker do pohybu svoj antimutantský program. Sú však aj mutanti, ktorí sa postavili proti ľudskej civilizácii. Jeden z nich, Magneto, práve ušiel z väzenia.

Mutantským hrdinom, X-Menom, hrozí definitívny zánik. Ich rasa bola vždy na pokraji vyhynutia, ale teraz je táto hrozba reálnejšia ako kedykoľvek predtým. Jediná cesta k spaseniu vedie cez minulosť na úplný začiatok reťazca udalostí, ktoré nastávajúce nebezpečenstvo vyvolali.