Starodávna povesť sa naplní, keď sú Pokémoni Articuno, Zapdos a Moltres vyrušení zo stáročnej harmónie. Keď sú narušené samotné sily prírody, závisí život na zemi od nečakanej spolupráce legendárneho Pokémona Lugia a mystického vyvoleného, ktorý bol predpovedaný legendou. Dokáže Ash Ketchum nabrať odvahu na to, aby zachránil svet?

Nad Greenfieldom sa rozpútala krištáľová katastrofa a Ash, Pikachu a priatelia musia prísť na to, ako napraviť škody na kedysi krásnom meste. Stane sa však nemysliteľné, keď Ashovu matku unesie mocný Entei, o ktorom sa predpokladalo, že Pokémon existoval iba v legendách. Teraz sa musí Ash vydať na jej záchranu, neistý tým, čo odhalí, keď odomkne skutočnú tajomnú moc stojacu za udalosťami: mladé dievča, ktorého svet snov sa mení na nočnú moru vďaka tajomným a nezastaviteľným Unownom!