Vďaka záhadnej tekutine je možné vytvoriť nové zmutované tvory. Zlý Shredder ich chce použiť proti korytnačkám. Mladý chlapec Keno rozváža pizzu. Pri jednej rozvážke pristihne bandu lupičov, ktorí kradnú tovaru. Keďže dobre ovláda bojové umenia, postaví sa neohrozene proti nim, a než sa spamätá, má po boku tri korytnačky, s ktorých pomocou lupiča porazí. V tej istej dobe sa prebúdza k životu Shredder, ktorý ninjom prisahá pomstu. Medzitým urýchlene pokračuje likvidácia odpadu na skládke podniku TGRI; práve tekutina, ktorá odtiaľ kedysi unikla, spôsobila mutáciu korytnačiek a potkanov a ešte stále ohrozuje všetko živé. Profesor Jordan Perry už zlikvidoval prakticky všetky fľaše, zostáva len jedna. Lenže tá sa dostane do rúk Shredderovi a jeho pešiakov.

Traumy minulosti Tonymu Starkovi nedajú spávať a tak sa po nociach venuje tomu, v čo verí najviac: svojej technológii. Avšak vynorí sa démon, ktorého stvoril v minulosti. Keď zrania Happyho, Tony sa rozhodne pomstiť jeho ťažké zranenia a berie to osobne. Zároveň odhaľuje meno svojho nepriateľa Mandariana. Ten sa po Starkových vyhrážkach rozhodne na neho zaútočiť. Všetci si myslia, že Tony pri útoku zomrel, a tak môže vo svojej činnosti pokračovať v utajení. Nevzdáva sa a za pomoci novonájdeného priateľa sa stavia do útoku proti Mandarianovi.

Bývalý príslušník špeciálnych jednotiek Cameron Poe si odsedel osem let vo väzení za neúmyselné zabitie opilca, ktorý napadol jeho manželku Triciu. V deň svojho prepustenia na slobodu sa ocitne vo väzenskom lietadle spolu so zločincami najhrubšieho zrna. Tí sa pod vedením inteligentného, ale psychopatického vraha Cyrusa "Virusa" Grissoma pokúsia o hromadný útek. Cameron, ktorého ostatní trestanci považujú za spojenca, je jediným mužom v lietadle, čo môže celej akcii zabrániť. Okrem nastolenia spravodlivosti mu ide predovšetkým o to, aby sa po rokoch odlúčenia zišiel so svojou ženou a dcérkou, ktorú ešte nikdy v živote nevidel.

Členovia elitnej špeciálnej jednotky, ktorú vyslali do akcie hlboko v srdci bolívijskej džungle, si veľmi rýchlo uvedomia, že práve oni sú terčom vražednej dvojitej hry a to vo chvíli, keď sa tím ako skala tvrdých chlapíkov vedených drsným Clayom môže s obrovským zdesením len bezmocne prizerať, ako vrtuľník plný detí, ktoré práve vyslobodili zo zajatia teroristov, krátko po štarte niekto zostrelil! Keďže v tej chvíli v ňom Clay a jeho muži mali byť tiež, je absolútne jasné, že útok bol určený práve im, a tak nečudo, že sa poriadne naštvaní rozhodnú hodiť svoje psie známky do horiacich trosiek, aby sa správa o ich tragickej smrti dostala do ich domoviny podporená aspoň nejakými hmatateľnými dôkazmi. Vďaka intenzívnej podpore tajomnej Aishe, ktorá im pomôže rýchlo a v tajnosti sa vrátiť do štátov, sa Clay, Jensen, Roque, Pooch a Cougar vydajú po stopách muža, ktorý ich má na svedomí zákerného obchodníka so zbraňami Maxa.