V treťom diele sa korytnačí nindžovia a April vďaka náhodnej kúpe tajomného a čarovného žezla dostanú do stredovekého Japonska. Namiesto nich sa v súčasnosti objavia japonský princ a štvorica samurajských bojovníkov. Lenže žezlo sa stratilo pri prenose, a tak ho musí štvorica znova nájsť, aby sa dostala späť do súčasnosti. Ale tiež musí zabrániť krviprelievaniu, na ktorom si chce privyrobiť anglický bandita a predajca pušiek. Budú sa však všetci korytnačí kamaráti chcieť vrátiť späť do súčasného sveta, kde o nich nikto nevie, zo sveta, kde sa stali hrdinami? A naopak japonskí samurajovia zo sveta, kde už nie je toľko nebezpečenstva ako v minulosti?

Pracovníci jednej firmy venujúcej sa daňovému konzultantvu sú bez milosti povraždení komandom smrti vedeným Ericom Gaussom. Prežije len jeden zamestnanec, Paul Damone. Ani jeho brat Johnny, najlepší lovec ľudí v Bostone však nezabraní, aby aj Paulovu rodinu nestretol osud pracovníkov dotyčnej firmy. Johnny sa rozhodne pre jediné čo mu ostalo, pre pomstu...