Agenti FBI Mulder a Scullyová už celých päť rokov vyšetrujú prípady spadajúce pod Akty X. Tentokrát budú vyšetrovať výbuch bomby v americkom Dallase, ktorý, ako skoro Mulder zistí, mal ukryť štyri telá, nakazené smrteľným a neznámym vírusom. Agenti sa tak dostávajú znovu na stopu temnej vládnej konšpirácií a ďalším utajeným pravdám.

Sú to štyri roky, čo tajní vládni agenti K a J odvrátili hrozbu intergalaktickej katastrofy obrovských rozmerov. K sa medzitým vrátil do bežného života a J i naďalej pracuje pre MVČ - bohato dotovanú, avšak neoficiálnu vládnu agentúru, ktorá reguluje mimozemský život na našej planéte. V priebehu vyšetrovania zdanlivo rutinnej záležitosti J odhalí diabolský plán, zosnovaný nepriateľskou kylothianskou stvorou Serleenou, ktorá sa maskuje vizážou zvodnej modelky. Keď Serleena vezme ako rukojemníkov celú budovu MIB, zostáva iba jediná osoba, na ktorú sa môže J obrátiť - jeho bývalý partner. Nastáva boj s časom a počas neho musí J presvedčiť K, ktorý stratil všetky spomienky na svoju kariéru pri MIB a zároveň je jediným žijúcim človekom s vedomosťami potrebnými na záchranu galaxie, aby sa opäť pridal k MVČ. Inak sa Zem stane obeťou totálnej deštrukcie.

Bývali legendami. Ich show kedysi poznal celý svet. To však bolo kedysi. Súbor sa rozpadol a miliónom fanúšikov zostali len spomienky. Jednými z nich sú aj Waler so svojím bratom Garym. Počas výletu do Los Angeles navštívia staré divadlo Muppets. Pritom odhalia plán naftového magnáta Texa Richmana, ktorý sa pokúša objektu zmocniť a zbúrať ho. Pod štúdiami by sa totiž malo nachádzať ropné ložisko. Jedinou šancou je divadlo vykúpiť. Ako však zohnať potrebných 10 miliónov dolárov? Rozhodnú sa zorganizovať dobročinný galaprogram v podaní starých Muppets. Súbor sa však rozletel po svete. Žabiak Kermit sa s Garyho s Walterovou pomocou musí pokúsiť zohnať svoje bývalé hviezdy a presvedčiť ich, aby sa pokúsili resuscitovať svoju starú slávu...