Za "svetového policajta" sú síce považované Spojené štáty, ale v skutočnosti je ním organizácia zvaná G.I. Joe, ktorá používa najvyspelejšie technológie a najpreverenejšie ľudí k tomu, aby bojovala so zlom po celom svete. V hľadáčiku jej záujmu sa momentálne nachádza zbrojárska firma Destro, ktorá to bezostyšne hrá na viac strán, a hlavne záhadná organizácia zvaná Kobra, ktorej aktivity kormidlujú svet k čoraz väčšiemu chaosu. Situácia je o to vážnejšia, že členovia Kobry nie sú o nič horšie vybavení než príslušníci GI Joe.

Vo vesmíre okolo nás zúri vojna dvoch vyspelých mimozemských civilizácii, dobrých Autobotov a zlých Decepticonov. Doposiaľ sa nám vyhýbali, ale keď títo vyspelí mechanoidi objavia na Zemi zdroj energie, ktorého ovládnutie môže jednej, či druhej strane priniesť konečné víťazstvo, naša planéta sa premení na peklo. Ich inváziu prežívame spoločne s teenagerom Samom, ktorého doposiaľ trápila len škola, absencia poriadneho auta a slečna menom Mikaela. Teraz má však o jeden problém navyše. Je to práve on, kto nevedomky ukrýva kľúč k životne dôležitému energetickému zdroju, a preto má nárok na prvé miesto v zozname ohrozených druhov. Hneď po ňom figuruje zvyšok našej civilizácie...