Príbeh sa odohráva v troch odlišných časoch: V pätnástom storočí dostane španielsky Conquistador osobitnú úlohu - nájsť bájny strom života. A odmena bude vskutku kráľovská. Pokiaľ ho nájde, bude môcť zdieľať večnosť spolu so ženou, ktorú miluje nadovšetko. V storočí dvadsiatom bojuje doktor o život svojej manželky, ktorá ochorela netypickým druhom rakoviny. Pokúša sa nájsť liek, ale zdá sa, že všetko je márne. Tretí a zároveň posledný čas je zahalený rúškom tajomstva, ale má nás zaviesť do ďalekej budúcnosti až do storočia dvadsiateho piateho, kde hlavný hrdina hľadá odpovede na otázky, ktoré za svoju dlhú púť časom nazbieral.

Velkolepý projekt Mela Gibsona rozpráva o starobylej ríši Máyov a jej zániku. Pôvod tejto kultúry, jej múdry život a náhla deštrukcia, je doteraz opradená mnohými tajomstvami. Ide o vôbec prvé filmové spracovánie tejto neobjasnenej záhady. Hlavný hrdina Jaguária tlapa sa vydáva na zbesilý útek zo zajatia, aby zachránil nielen svoj život, ale aj milovanú rodinu... Uznávaný, napriek tomu alebo práve preto aférami obklopený, svetoznámy režisér, scenárista, herec a producent v jednej osobe Mel Gibson pri natáčaní Apocalypta opäť riskoval. Pre zvýšenie autenticity sa počas celého filmu hovorí neznámou rečou, pôvodným máyskym jazykom Yucatec, podobne ako v Umučení Krista.