Sú najlepšie stráženým tajomstvom vo vesmíre. Agenti K a J pracujú pre neoficiálnu vládnu agentúru s názvom Muži v čiernom, ktorá zodpovedá za imigráciu a vôbec všetko, čo súvisí s aktivitou mimozemšťanov na Zemi. Sú našou najlepšou, poslednou a jedinou záštitou, keď sa blízke stretnutia stanú nepríjemnými. Pracujú v tajnosti a chodia v čiernom. Čierne obleky, čierne okuliare a dokonalý arzenál všetkého čo strieľa, vybuchuje a inak likviduje. Pred sebou majú len jedinú úlohu - zabrániť vesmírnym teroristom, aby sa zmocnili našej Zeme. Pri svojej práci stretáva dvojica sympatickú doktorku Laurel Weaverovú, ktorá sa v newyorskej pitevni v poslednom čase stretáva so záhadnými mŕtvolami.

Sú to štyri roky, čo tajní vládni agenti K a J odvrátili hrozbu intergalaktickej katastrofy obrovských rozmerov. K sa medzitým vrátil do bežného života a J i naďalej pracuje pre MVČ - bohato dotovanú, avšak neoficiálnu vládnu agentúru, ktorá reguluje mimozemský život na našej planéte. V priebehu vyšetrovania zdanlivo rutinnej záležitosti J odhalí diabolský plán, zosnovaný nepriateľskou kylothianskou stvorou Serleenou, ktorá sa maskuje vizážou zvodnej modelky. Keď Serleena vezme ako rukojemníkov celú budovu MIB, zostáva iba jediná osoba, na ktorú sa môže J obrátiť - jeho bývalý partner. Nastáva boj s časom a počas neho musí J presvedčiť K, ktorý stratil všetky spomienky na svoju kariéru pri MIB a zároveň je jediným žijúcim človekom s vedomosťami potrebnými na záchranu galaxie, aby sa opäť pridal k MVČ. Inak sa Zem stane obeťou totálnej deštrukcie.

Muži v čiernom odnepamäti chránia našu Zem pred vesmírnou háveďou. V novom dobrodružstve však stoja proti hrozbe, s akou sa ešte nestretli: zradcovi v ich vlastných radoch.

Sme vo svete, kde ľudia spolunažívajú s bábkami, ktoré spoločnosť považuje za druhoradých občanov. Phil Phillips bol prvým bábkovým policajtom na oddelení v Los Angeles. Teraz je súkromným detektívom a spolu so Sandrou – bábkovou klientkou – musia zistiť, kto ju vydiera. Phil vedie vyšetrovanie v porno predajni, ktorú vlastní skupina bábik. Keď ide dozadu skontrolovať záznamy, niekto vyvraždí celý obchod, vrátane pána Bumblypantsa, obľúbeného herca z úspešného sitcomu 90-tych rokov. Po príchode polície sa Phil stretne s bývalou parťáčkou, detektívkou Connie Edwardsovou, a spoločne pokračujú vo vyšetrovaní, aby vypátrali pravdu. Bolo to iba obyčajné lúpežné prepadnutie obchodu so zlým koncom, alebo plánovaná vražda?