Lietadlo nesúce aj malé dievča Sheetu, prepadnú piráti a útok končí jej pádom. Nepadne však dole, ale pomaly sa znesie do náručia chlapca menom Pazuo. Onedlho spolu zistia, že jej to umožnil tajomný modrý kameň z levitačného kryštálu, ktorý mala pri páde u seba. Tento kameň môže byť kľúčom k Lapute, dávnemu legendárnemu mestu, ktoré pláva po oblohe a ukrýva veľké bohatstvo a nesmiernu moc. Niet divu, že kameň chcú za každú cenu získať vzdušný piráti a aj vládny agenti...