Schinichi Kudo, 17-ročný stredoškolák, skvelý amatérsky detektív a futbalista, sa pri riešení prípadu zapletie s tajnou organizáciu Muži v čiernom. Pokúsia sa ho otráviť vývojovým jedom, no vedľajšie účinky ho neusmrtia, ale spôsobia jeho omladnutie asi o 10 rokov. Jeho vzrast a fyzická sila sa zmenšili, no jeho vedomosti a inteligencia ostávajú nezmenené. Aby ostal v utajení pred tajnou organizáciou vystupuje pod pseudonymom Conan Edogawa. Stáva sa opäť študentom základnej školy a spolu s tromi spolužiakmi vytvára skupinu Mladí detektíví. Jeho sused profesor Agasa preňho vyrába rôzne technické pomôcky ako transformátor hlasu, uspávacie hodinky alebo skateboard na solárny pohon, ktoré mu pomáhajú riešiť detektívne prípady.

Cube je malé a útulné mestečko, kde na námestí nájdete úplne všetko - budovy, parky a väčšinu obyvateľov. Jediným nespokojným obyvateľom je malý, zvedavý a dychtivý tučniačik Pecola. Je vždy v centre diania - či sa snaží vyhrať súťaž v doručovaní zásielok, ktorú organizuje miestna pošta, alebo pomáha miestnym hasičom. Aj keď má vždy tie najlepšie úmysly, jeho dobre mienená pomoc spravidla spôsobí v meste totálny chaos.